В Крымскую войну Балаклава была оккупирована английской армией. После проигранного русской армией сражения на Альме часть британских войск, не встречая сопротивления на своем пути, направилась к Балаклаве. В ночь с 13 (25) на 14 (26) сентября 1854 года авангард британской армии вошёл в город и неожиданно для них был обстрелян огнем из генуэзской крепости, где засел полковник Манто. Тотлебен впоследствии так писал об этом событии: «В то время как англичане подходили к Балаклаве, в древних развалинах засел командир Балаклавского греческого пехотного батальона полковник Манто. С одной ротой своего батальона, в числе 80 человек строевых и 30 отставных солдат. При них были 4 медные полупудовые мортирки. <…> Неприятельский авангард, подойдя к Балаклаве, неожиданно был встречен огнем греческих стрелков». После шестичасовой перестрелки защитники крепости были взяты в плен. Часть Греческого батальона прорвалась в горы и затем соединилась с русской армией в Ялте. 2 (14) ноября в долине к северу от Балаклавы произошло так называемое Балаклавское сражение: русская армия стремилась захватить английский лагерь и тем самым прекратить снабжение англичан. Место битвы впоследствии получило название Долина Смерти, в 1856 году англичанами там был установлен памятный знак и находится английское кладбище, которое в 1945 году после Ялтинской конференции посещал Уинстон Черчилль. (Подробнее о визите Черчилля см. [1].) До окончания войны в Балаклаве базировались английская армия и флот. Англичане соорудили деревянную набережную (сейчас на этом месте находится набережная Назукина), также был проведен водопровод и построены шоссейные дороги. В деревне Кадыковка (сейчас является частью города) находились магазины, гостиницы и увеселительные заведения. Кроме того, в феврале—марте 1854 года англичанами была построена первая в Крыму Балаклавская железная дорога длиной 12,8 км, она соединяля Балаклавскую бухту и военное депо в районе Сапун-горы. После войны железная дорога была разобрана и продана туркам. 2 (14) ноября 1854 года во время сильного шторма 11 судов английского флота, стоявших на рейде у входа в Балаклавскую бухту, были выброшены на прибрежные скалы. Среди затонувших кораблей был легендарный трехмачтовый пароход «Принц», который, выполняя свой первый рейс, привез зимнюю одежду, припасы и секретное оружие для взрыва затопленных русских судов, преграждавших вход в Севастопольскую бухту. Из 150 членов экипажа спаслось только семеро. По легенде «Принц» должен был доставить большое количество золота для жалования британским солдатам. В апреле 1855 года в Балаклаву прибыл отряд британских медицинских сестер под руководством Флоренс Найтингейл.