Храм получил своё нынешнее название — Дацан Гунзэчойнэй в 1991 году, что является его тибетским именем, данным ему при освящении. Гунзэчойнэй в переводе с тибетского — источник святого учения Всесострадающего (Владыки-отшельника), дацан — в российском буддизме означает монастырь — культовое сооружение в Санкт-Петербурге.
В 1900 году представитель Далай-ламы XIII в России Агван Доржиев получил разрешение на строительство храма в Петербурге. Строительство храма началось после слов императора: «Буддисты России находятся под защитой двуглавого орла». 16 марта 1909 года Доржиев приобрёл на северной окраине города, в Старой Деревне, участок земли площадью 648,51 кв. саженей (2940 м²), уплатив за него 18 тысяч рублей, а также закупил часть необходимых строительных материалов.
Для научного руководства строительством был создан комитет учёных-востоковедов, куда вошли Б. Я. Владимирцов, В. В. Радлов, С. Ф. Ольденбург, Э. Э. Ухтомский, В. Л. Котвич, А. Д. Руднев, Ф. И. Щербатской, Н. К. Рерих, В. П. Шнейдер и др.
Архитектурный проект храма в соответствии с канонами тибетской архитектуры был разработан в 1909 году студентом Института гражданских инженеров Н. М. Березовским и архитектором Г. В. Барановским — автором проекта Елисеевского гастронома на Невском.
В архитектурном плане это один из самых дорогих буддийских храмов, построенных в Европе. В то время как в Бурятии возводились деревянные и кирпичные храмы, дацан в Петербурге построен из колотого гранита.
Позолота, сочетание ярких красок, облицовка и сам архитектурный проект в целом потребовали значительных материальных вложений. Это монументальное произведение искусства знаменито также витражами, изготовленными известным художником Николаем Рерихом, изобразившим на них восемь благих буддийских символов.
Полную информацию о дацане можно прочитать в Википедии.