Основой военно-морских флагов стали форма и расцветка военно-морского штандарта. Он был поднят на 12-ти пушечной яхте "Святой Пётр", на которой в 1693 году Пётр Первый совершил переход из Архангельска в Белое море. Корабельный штандарт яхты "Св. Пётр" представлял собой прямоугольное полотнище, состоявшее из трёх горизонтальных полос: белой, синей и красной.
Сочетание трёх цветов - белого, синего и красного отражало древнюю геральдику традиции славян. Белый цвет исстари символизировал на Руси честь, благородство и миролюбие, синий - чистое небо и широту водных просторов, красный был синонимом понятий "красивый", "главенствующий" и служил символом храбрости, мужества, неустрашимости.
С 1705 года этот флаг стал символом торгового флота, а впоследствии - государственным флагом России.