Иоанновский монастырь — женский монастырь на набережной реки Карповки в Санкт-Петербурге.
Иоанновский монастырь был задуман как подворье Иоанно-Богословской женской общины, созданной Иоанном Сергиевым в своём родном селе Сура. 8 мая 1900 года было освящено место для подворья; 16 сентября того же года епископ Ямбургский Борис совершил его закладку.
В 1901 году община получила статус монастыря, а подворье стало самостоятельной обителью.
Нижний храм прп. Иоанна Рыльского собора Двунадесяти апостолов был освящён 17 января 1901 года о. Иоанном Кронштадтским; главный храм, занимающий два верхних этажа, освящён 17 ноября 1902 года митрополитом Антонием при участии о. Иоанна.
В период с 1903 года по 1908 год был завершён строительством пятиэтажный дом для причта и желающих жить при монастыре, здание лазарета, иконописной и рукодельной мастерских и келий; в подвальном этаже храма возведена церковь-усыпальница, освящённая благочинным Александро-Невской лавры архимандритом Макарием во имя пророка Илии и св. царицы Феодоры (небесных покровителей родителей протоиерея Иоанна) 21 ноября 1908 года — на следующий после кончины о. Иоанна день.
Вскоре после смерти устроителя монастыря, в январе 1909 года, Святейший Синод опубликовал рескрипт от 12 января того же года императора Николая II на имя митрополита Санкт-Петербургского Антония и вынесенное Синодом во исполнение оного определение от 15 января, которым, в частности, «Иоанно-Богословский в С.-Петербурге женский монастырь, в коем покоится ныне тело почившего» возводился в степень первоклассного.
В 1919 обитель была обращена в трудовую коммуну, в 1923 году — ликвидирована. После захвата в 1922 году епархиального управления в Петрограде сторонниками обновленчества, община обители примкнула к так называемой Петроградской автокефалии, во главе которой после ссылки архиепископа Алексия стал епископ Николай. После ареста и ссылки последнего, 12 мая 1923 года, под давлением властей, движимое и недвижимое имущество монастыря было передано обновленческой общине; 19 мая того же года губисполком принял решение о ликвидации монастыря, что удалось осуществить только в ноябре.
Здания Иоанновского монастыря переданы мелиоративному техникуму; в марте 1926 года был замурован вход в усыпальницу отца Иоанна. Почти все монахини были в начале 30-х годов арестованы и приговорены к ссылке в Казахстан.
В ноябре 1989 года монастырь передан епархии и открыт как подворье Пюхтицкого монастыря; 1 ноября, в день рождения отца Иоанна, состоялось освящение нижнего храма во имя святого Иоанна Рыльского.
12 июля 1991 года, в день престольного праздника, Патриархом Алексием II был освящён верхний храм во имя Двенадцати Апостолов.
Является ставропигиальным с 25 декабря 1991 года.
Иоанновский женский монастырь также изображён на мемориальной серебряной монете достоинством три рубля)