Гражданскую войну в Испании немцы рассматривали как хорошую возможность для испытания в бою различных видов вооружения. Боевую проверку в этих сражениях прошло и несколько типов германских самолетов. В декабре 1937г в Кампф Группе (KG-88) Легиона "Кондор" прибыло 1 Звено (3 самолета) "Ju-87A-1" из I/StG-163 с целью изучения их возможностей на поле боя. Звено получило название "Иоланта", на самолетах были накрашены эмблемы (рисунки свиньи) и франкистские опознавательные знаки. В первых же вылетах "Юнкерсы" оправдали возлагавшиеся на них надежды, необычайно точно разрушая даже малые цели: бункеры, огневые позиции, мосты и даже единичные танки. В октябре 1938г в Испанию прибыли для испытаний 5 новейших экземпляров "Ju-87B-1", которые также приняли активное участие в боях. Нужно отметить, что из всех воевавших в Испании "Ju-87" погиб в бою только 1 самолет, что свидетельствует не только о слабости республиканской ПВО, но и о достоинствах немецкого пикировщика и хорошей выучке экипажей.

"Юнкерсы" не принимали участия в первых агрессивных действиях Германии - аннексия Австрии, Судет и Чехословакии обошлась без боевых столкновений. 15-го августа 1939г при подготовке войны с Польшей для высших чинов Люфтваффе и Вермахта на полигоне Нойхаммер была проведена демонстрация бомбардировки с пикирования, выполнявшаяся самолетами гауптмана Вальтера Зигеля из I/StG-76. Вследствие ошибочного прогноза метеорологической службы, неверно информировавшей летчиков о высоте нижней кромки облаков, пикировавшие первыми самолеты руководства Группе, пробив прослойку облаков, обнаружили землю не в 700, как предполагалось, а в 100 метрах под собой. Для безопасного же выхода из пикирования "Штуке" требовалась высота не менее 500 метров! Гауптман Зигель чудом смог вывести свой самолет из пике, слегка чиркнув колесами по земле, остальные же 23 "Юнкерса" разбились, похоронив под обломками свои экипажи.
К концу августа 1939г все германские полки пикирующих бомбардировщиков были перевооружены на самолеты "Ju-87B-1", из которых 270 экземпляров, сгруппированных в 8-ми Авиаполках, участвовали в Польской кампании. Открыла боевые действия против Польши 3-я Штаффель StG-1, взлетевшая из Эльблага в 4 ч 26 мин с заданием уничтожить охраняемый поляками мост в Tczewie. В 7.00 германские пикировщики из I/StG-2 атаковали польский аэродром в Раковице, а затем, пролетая близ полевого аэродрома в Балице, застали врасплох взлетавшую с него польскую истребительную эскадрилью. Пилот "Ju-87" Франк Нрйберт атаковал истребитель Р-11с командира польской эскадрильи капитана Мечислава Медвецкого и сбил его. Медвецкий стал первым польским летчиком, погибшим во II-й Мировой войне, а Нойберт открыл счет воздушных побед Люфтваффе в этой войне.

В течение всей Польской кампании "Штуки" являлись главной ударной силой германских войск на всех участках фронта. Особенно эффективно они атаковали польские корабли в Гданьском заливе, где "Юнкерсами" были уничтожены эсминец "Вихрь" и несколько более мелких кораблей. Бомбили "Ju-87" Варшаву и Модлин, превратив эти города в развалины. Потери "Штук" в Польской кампании составили 28 (по другим данным - 31) самолетов, причем большинство их погибло от огня ПВО.
Вновь "Штуки" были пущены в дело во время операции "Везерюбунг" (нападение на Данию и Норвегию 8-го апреля 1940г), причем в боях участвовали исключительно только пикировщики увеличенной дальности "Ju-87R". Потери немцев в "Юнкерсах" составили всего несколько уничтоженных и поврежденных в боях машин.
10-го мая 1940г началась немецкая агрессия против Франции, Бельгии и Голландии. Основной ударной силой Люфтваффе в этих операциях по прежнему оставались "Штуки"; именно здесь немцы впервые использовали установленное на "Юнкерсах" "психологическое" оружие - смонтированные на стойках шасси сирены, вызывавшие своим воем в момент пикирования панику среди наземных войск противника и гражданского населения. Однако на этом фронте немцам пришлось столкнуться с гораздо более сильным противодействием вражеских истребителей, чем было до сих пор: в бой вступили новейшие французские и британские истребители и потери германских самолетов резко возрасли (за кампанию немцы потеряли уничтоженными - 70, и поврежденными - столько же "Штук"). Только теперь, в схватках с современными истребителями противника, выявились главные недостатки "Ju-87" - невысокая скорость, плохая маневренность, недостаточное бронирование и очень слабое оборонное вооружение. Эти выводы были подтверждены следующей кампанией - атакой на Британию (операция "Зеелеве"). В июле и августе 1940г "Штуки" группами атаковали с переменным успехом морские цели в канале Ла-Манш, а также порты Дувр и Портленд. День 18 августа, названный немцами "Адлер Таг" ("День Орла"), ознаменовался массовыми налетами германской авиации на Великобританию - великая "Битва за Англию" началась. "Ju-87" атаковали аэродромы, радары, порты на южном побережье Англии. Но в первые же 6 дней ожесточенных боев "Штуки" понесли настолько огромные потери, что это совершенно деморализовало экипажи пикировщиков. Были даже случаи сброса бомб в море и поворота перед целью на обратный курс при одном виде истребителей RAF. В результате "Ju-87" были выведены из первой линии и перестали участвовать в "Битве за Британию". Немецкому командованию стало ясно, что "Штуки" - это типичные самолеты поддержки для действий непосредственно на поле боя по разрушению первой линии противника, уничтожению и деморализации его живой силы; что они способны выполнять задания только в условиях слабого противодействия истребителей противника! Нужно признать, что в подходящих для них условиях "Ju-87" превосходно справлялись со своими задачами, наводя ужас на пехоту противника...

В апреле 1941г "Штуки" приняли участие в операции "Марита" (нападение на Грецию и Югославию), а так же в битве за Крит и в сражениях над Средиземным морем. На этом театре военных действий "Юнкерсам" удалось частично восстановить свою изрядно подмоченную в "Битве за Англию" репутацию. "Ju-87" добились больших успехов, потопив и повредив множество британских боевых кораблей и транспортных судов; одной из самых важных побед "Штук" стало повреждение английского авианосца "Илластриес". При этом в боях было потеряно всего 20 "Ju-87". В этой же кампании "Юнкерсы" провели первые эксперименты по транспортировке пикировщиками десантных планеров с войсками и техникой. Отлично показали себя "Штуки" и в Африке, где самолеты версии "R/Trop" стали главной ударной силой авиации Африканского Корпуса генерала Роммеля.

В начале июня 1941г большинство самолетов "Ju-87" было переброшено с различных участков Западного Фронта на Восток - для участия в нападении на СССР. Здесь - на границе с Советским Союзом - к 22 июня немцы сосредоточили 3/4 всей своей авиационной мощи. С Западного, Северного, Балканского фронтов на русскую границу было стянуто 390 "Штук" - почти все имевшиеся на это время в наличии пикировщики (только на Средиземном море было оставлено 66 "Ju-87"). Первый год войны с СССР стал самым удачным годом в биографии "Штук": действовавшие в основном неожиданно, при слабом противодействии ПВО и недостатке истребителей у противника, "Ju-87" выполняли роль главной ударной силы наступавшей германской армии, повергая в панику советские войска и население и сметая с лица земли все на своем пути. Именно они потопили в Кронштадте русский линкор "Марат", разрушили Мурманск и Севастополь. Особой страницей в биографии "Юнкерса" стал Сталинград - именно "Штуки" превратили этот город в руины; во время Сталинградской Битвы "Ju-87" пришлось исполнять самые различные функции: бомбардировщиков, разведчиков, связистов и даже воздушных буксиров, транспортировавших планеры DFS-230 со снаряжением для окруженной в Сталинградском котле армии Паулюса.

Однако постепенно ввиду увеличения количества советских истребителей и улучшения их качества роль и эффективность деятельности "Штук" стали заметно снижаться. И здесь уже не могло помочь введение в строй "Ju-87" новых модификаций. Потери "Штук" все больше возрастали: бывало что, несмотря на сильное истребительное прикрытие, из высланной в атаку эскадрильи назад не возвращался ни один самолет! И тем не менее, "Ju-87" на русском фронте оставался для немцев по-прежнему основным ударным оружием - выяснилось, что главным самолетом на поле боя является штурмовик; Германия же таких самолетов не имела ("Hs-123" безнадежно устарел, "Hs-129" выпускался в ничтожно малом количестве и имел много недостатков). В результате функции штурмовика были возложены, как на наиболее подходящий самолет, на все тот же "Ju-87". Его последние модификации - "D" и "G" - уже имели больше черт штурмовика, чем пикировщика...

Перевод «Штуки» из пикировщиков в штурмовики изменил и название подразделений Ju-87: теперь они стали называться не StG (пикировочные эскадры), а SG (штурмовые эскадры). В улучшенных версиях штурмовиков «Штуки» на какое-то время смогли восстановить свою репутацию, снизив собственные потери и увеличив свою боевую эффективность. Особой эффективностью отличались необычные противотанковые версии «Штуки» - Ju-87G, вооруженные парой мощных 37-мм пушек. За первый месяц участия в боях (март-апрель 1943 г) вооруженная ими экспериментальная противотанковая эскадрилья уничтожила 116 советских танков. Этот успех привел командование к решению сформировать в каждой штурмовой Гешвадер (дивизии) по эскадрилье «охотников за танками» на Ju-87G. В течение 1943 года противотанковые «Густавы» действовали очень эффективно при минимальных потерях (хотя их личная эффективность не слишком влияла на общую эффективность Люфтваффе из-за малого количества этих машин).

Однако в 1944 году картина изменилась. Еще более усилившиеся к этому времени советские истребительные части и наземные средства ПВО начали наносить «Штукам» большие потери. Немецкое же командование в условиях крупных наступательных операций Советской Армии начало бросать свои штурмовые подразделения «затыкать дыры» на направлениях главных ударов РККА. «Штуки» носились от прорыва к прорыву, работая днем и ночью; именно в это время штурмовые подразделения немцев получили прозвище «пожарные команды»…
В 1944 году «Штуки» очень активно действовали в небе Польши, когда фронт перекатился через польско-русскую границу. Ju-87 бомбили 1-ю Польскую Армию на Буге, "обрабатывали" Варецко-Магнушевский плацдарм; но главной их "заслугой" было разрушение Варшавы во время восстания, когда "Штуки" безнаказанно бомбили с малой высоты позиции повстанцев и безоружное мирное население (тем не менее, повстанцам все же удалось сбить один Ju-87B-2).
Последними боевыми акциями "Юнкерсов-87" были: участие 130 "Штук" в немецком контрнаступлении 16-го декабря 1944г в Арденнах, самоубийственные атаки в марте 1945г на Ремагенский мост, и несколько ночных штурмовых рейдов против войск союзников уже на территории Германии. Во всех этих операциях участвовали самолеты самых разных модификаций, но старых версий "B" и "R" было уже совсем немного. О том, насколько активно применялись в боевых действиях "Ju-87", свидетельствует такой факт: из 5709-ти экземпляров всех модификаций этого самолета в руки союзников после окончания боевых действий попало только около 200 "Штук" – все остальные погибли в боях!