Откройте файл core/functions/setting_functions.php

найдите там функцию settingCONF_DEFAULT_SORT_ORDER и замените
$sortlist[] = array("title"=>STRING_SET_ID3, "value"=>"sort_order, name");
на
$sortlist[] = array("title"=>STRING_SET_ID3, "value"=>"name ASC, in_stock DESC");

Сохраните, очистите кэш и затем в общих настройках магазина выберите сортировку - Стандартная. В таком варианте сортировка сначала будет по имени (по алфавиту), потом по наличию на складе(от большего к меньшему).