В 1991 году поруганный и разрушенный монастырь был передан для восстановления церкви. Писатель Анатолий Приставкин в то время в журнале "Огонёк" с болью об Отечестве писал:
"+ Встав ненадолго рядом с монастырём и соорудив палатку, пошёл я по привычке побродить по святой монастырской земле, уже зная, что объявлена Нилова пустынь как церковная собственность, а значит, будет со временем тут рачительный хозяин.... А пока что школьники сгребают мусор, да скромные молодые послушники продают в свободное от многих дел время образки святого Нила. Поверьте, я постоял и специально посмотрел, как люди покупают, как кладут в крошечный ящик, прибитый у входа во временную обитель нынешних хозяев, деньги на восстановление храма. Отдают, как берут. И в этом вся правда.
Это ведь нужно нам, нам. Мы должны восстановить селигерское чудо, чтобы стать лучше, чтобы поверить в себя. И тогда вернётся на нашу истерзанную землю Божья благодать, и если не мы, то наши дети увидят снова, как пестря всеми цветами радуги, встретит их Столбенский остров и колокольный благовест разнесётся над вечными водами Селигера".

Программы, в которых монастырь приглашает принять участие благотворителей:
1. Ремонт и благоустройство большой трапезной на 200 человек с установкой современного оборудования для пищеблока. !!!!
2. Ремонт и оборудование гостиницы на 200 человек для школьников и студентов.
3. Роспись Богоявленского собора.
4. Создание музея.
5. Воссоздание исторической библиотеки обители.
6. Строительство разрушенного Иоанно-Покровского храма 18 века на месте подвигов преподобного Нила.
7. Издание исторической и духовно-просветительской литературы, фильмов.
8. Капитальная реставрация храма Всех Святых (17 век).
9. Благоустройство внутреннего убранства храмов 18 века: преподобного Нила, св. Петра и Павла, Крестовоздвиженского.
10. Приобретение большого колокола для соборной звонницы.
11. Установка больших часов с боем на соборной колокольне.
12. Благоустройство территории острова.
Телефон для предложений о благотворительном участии в программах:
8 961 160 15 42 - инок Иоанн, e-mail baltrus@inbox.ru
Монастырь с благодарностью примет любую помощь.
Все программы обустройства монастыря прежде всего направлены на скорейшее создание инфраструктуры и привлекательности обители для проведения образовательных путешествий для детей и молодёжи Просветительским Центром имени святого Нектария архиепископа Сибирского и Тобольского - второго строителя Нило-Столобенской пустыни на родине Леонтия Филипповича Магницкого - выдающегося математика и педагога России;

Реквизиты: Адрес монастыря Нило-Столобенская пустынь: 172 757, Тверская область, Осташковский район, дер. Светлица, монастырь Нило-Столобенская пустынь. E-mail: nilova-seliger@mail.ru, тел./факс: 8(48235) 5 80 50, тел.: 5 08 04, моб.: 8 961 160 15 42.

Банковские реквизиты:

ИНН/КПП 6913005842/691301001, р/с 4070381056316000155 в Осташковском ОСБ 5640, г. Осташков, к/с 30101810700000000679 в Тверском ОСБ 8607, г. Тверь, БИК 042809679