Кинокартина «Эл-Ниньо» состоит из двух обособленных сюжетных линий, в конце плавно пересекающихся. Двое друзей-приятелей миловидный Ниньо и эксцентричный Компи ради больших денег ввязываются в мир криминала и наркоторговли. Парочке всего-то нужно пересечь на небольшой груженой гашишем лодке полноводный Гибралтар так, чтобы не попасться бдительной полиции или специалистам по наркоконтролю. Поначалу предприятие оказывается успешным, однако потом парни начинают сталкиваться с достаточно неожиданными и непредвиденными трудностями.

Напарники Хесус и Ева работают в полицейском отделе борьбы с наркотиками. Парочка уверена, что гангстеры придумали способ переправки своего товара через Гибралтар и именно этим путем доставляется большая часть всевозможных наркотиков. И полицейским агентом посчастливилось нарваться именно на двух неопытных курьеров, которые на простой лодке пустились в столь далекое и непредсказуемое путешествие. Ниньо с Компи предстоит сражение с лучшими агентами, однако истинным противником копов и парочки неудачников становятся именно работодатели героев...