Какие налоги уплачивает владелец со своей недвижимости?

Налог на недвижимость. Он не большой: "порядка 20 евро со 100м2 в Праге в год", "У нас дом на 6 сотках, налог в год меньше 1000 крон всего", "500 крон в год четырекомнатная квартира мне обходится".

Что если квартира куплена на фирму?

Если квартира куплена на фирму, то кроме налога на недвижимость обычно возникает еще и налог на прибыль от сдачи квартиры в аренду. Даже если вы владеете этой фирмой и живете в этой квартире. Но это - тема для отдельного исследования.

Где и как заплатить этот налог?

http://realita.ru/chehia/nalog-na-nedvizhimost-v-chehii.html