как и в любом другом языке в японском есть случаи? когда звучание букв меняется.
Возьмем букву Н например в многострадальном слове Сэмпай
есть такое маленькое правило в японском Н перед буквами из рядов ХА,БА,ПА,МА читается как М.
а точнее
Мораническое Н
н перед согласными является мораническим (mora — промежуток времени, пауза)
Мораническое н перед гласными записывается как нъ
Мораническое н может звучать по разному:
перед к или г звучит как [ŋ] (в русском соответствия нет, как в англ. sing)
перед м, б и п звучит как м, и в русской системе траскрипции так и записывается, например сэмпай (先輩).
в других случаях звучит как обычное н соответствующее русскому.

если говорить о Сэмпай, то надо учесть что все же правильнее упоминать Э а не Е. В японском нет такой мягкой буквы

информация в основе из http://ru.wikipedia.org
В японском языке распространена редукция (выпадение) гласных между глухими согласными. Например, слово хито (人 «человек») часто произноситься практически как [хьто], слово суки (好き «нравится, любить») произносится практически как [ски]. Редукция также часто встречается в конце слов, если слова оканчиваются на слог су (す): дэсу (です глагол-связка) произносится как дэс; глаголы в вежливой форме на -мас, например, аримасу (あります, от глагола ару ある «быть, существовать») читается как [аримас], ёмимасу (読みます, от глагола ёму 読む　«читать») как [ёмимас]. Редукция обычно не зависит от скорости произношения и является нормой в японском языке, однако произношение без редукции встречается в некоторых регионах Японии, в большинстве случаев слово произнесённое без редукции понятно носителям языка.

В иностранных словах для большего сходства с оригинальным произношением иногда редукции подвергаются слоги, которые не редуцируются в японских словах. Например, посуто (ポスト «почтовый ящик», от англ. post box) может читаться как [пост]; супу:тонику (スプートニク «спутник», от рус. спутник) иногда читается как [спу:тник]. Однако стоит сказать, что в большинстве случаев японцы читают иностранные заимствования с обычной и непостоянной редукцией, и чем глубже слово проникает в японский язык, тем реже проявляется редукция. Например, слова мэ:ру (メール　«электронная почта, email (часто на мобильных телефонах, аналог sms)») и айсукури:му (アイスクリーム «мороженное», от англ. icecream) обычно читаются либо без редукции ([мэ:ру]) либо только с японской редукцией ([айскури:му]).

Стоит сказать, что японская редукция это не просто пропуск гласных звуков, а так называемые глухие гласные, то есть выпадающий гласный звук всё-же произносится, но без напряжения голосовых связок. На слух это мало отличается от полного непроизношения гласной, однако же если читать «по губам», то разницу в мимике при произношении редуцированной и нередуцированной гласной не заметить. Во многом поэтому редукция никак не отображается в кириллической системе транскрипции.