Вскоре после инцидента в Икеда-я трёхтысячная армия провинции Тёсю выдвинулась в сторону Киото. Лидеры патриотов начали безнадёжную войну, исход которой был уже предрешён - сёгунат выставил против мятежников около 20 тыс. человек. Армии провинций Айзу и Сатсума вновь объединились, чтобы обеспечить оборону Императорского дворца, Шинсенгуми также не осталась в стороне от сражения. Решающая битва на улицах столицы длилась всего лишь несколько часов; в ней погибли 400 солдат Тёсю и 60 воинов бакуфу. В самом Киото полыхали пожары - 28 тыс. домов оказались в огне, выгорали целые кварталы вместе с жителями. Позже это противостояние стали называть Обречённой войной.