За два месяца до инцидента в гостинице "Икеда" (Икеда-я) внимание Шинсенгуми привлекли странности в поведении жителей Киото. Усиленные патрули и многочисленные осведомители помогли Исами Кондо узнать о том, что в городе тайно собираются самураи из провинций Тёсю и Хиго. Командование приказало установить слежку за одним из лидеров патриотов, Тейзо Миябе, и вскоре шпионы Шинсенгуми обнаружили тайный склад оружия, принадлежавший реформистам. Склад располагался в лавке Масуйя, хозяином которой был некто Сюнтаро Фурутака - патриот из Тёсю, известный в Киото под именем Киемон. Его арестовали за день до происшествия.

Синпачи Нагакура, капитан второго отряда Шинсенгуми, в своих мемуарах написал о допросе Фурутаки следующее: "Сперва его допрашивал лично Кондо-сэнсей, но Фурутака не сказал ни единого слова. Он по-прежнему вёл себя вызывающе, несмотря на боль от пыток, которым его подвергли. Поняв, что все наши усилия тщетны, к допросу Фурутаки приступил Хидзиката-сэнсей, который был известен под прозвищем "Демон Шинсенгуми". Он связал руки арестованного и подвесил его за ноги к потолку. После этого в ноги Фурутаке вонзили большие иглы, длиной около 12 сантиметров, и на каждую иглу насадили свечу, весом 100 монме (около 1,3 килограмма). Затем свечи подожгли. Фурутака был готов к смерти, но он не смог выдержать эту пытку более получаса - раскалённый воск от свечей начал проникать в окровавленные раны от игл. Лишь после этого Фурутака рассказал о тайном заговоре патриотов: 20 июня мятежники под предводительством Миябе планировали поджечь Киото, чтобы во время паники и беспорядков убить Такамори Мацудайру и Тасусико Нагаваномийю, после этого похитить Императора и перевезти его на территорию одной из мятежных провинций".

Детали заговора не стали для Шинсенгуми неожиданностью, но все понимали, что его исполнение грозило Киото пожаром, массовыми беспорядками и огромными жертвами среди мирного населения. Ситуация осложнялась нехваткой людей, так как почти половина воинов переносила сезонные болезни, поэтому Новая Гвардия запросила поддержку у армии Айзу, но дополнительные отряды не появлялись до поздней ночи. Было принято решение не дожидаться подкрепления и разделить оставшихся людей на два отряда, чтобы обойти все гостиницы и чайные дома Киото в поисках места тайной встречи патриотов. Первая группа, состоявшая из Кондо, Содзи, Нагакуры, Тодо и ещё шести человек, направилась к Икеда-я. В это же время, вторая группа под предводительством Хидзикаты (помимо 20 воинов в неё входили Харада, Иное и Сайто) устремилась в Сикоку-я - наиболее вероятное место собрания. Позднее выяснилось, что это был ложный след.

В 10 часов вечера Исами Кондо вошёл в Икеда-я через чёрный ход и потребовал для проверки книгу посещений. Заметив его, испуганный охранник побежал наверх, чтобы предупредить своих товарищей об облаве. Кондо устремился вслед за ним. На втором этаже он вломился в главную комнату и обнаружил в ней 30 заговорщиков. Кто-то быстро задул все фонари и комната погрузилась во мрак. Оказавшись один в темноте среди множества врагов, Кондо без колебаний вступил в бой. Несколько человек из его группы также поднялись наверх, чтобы помочь командиру, пока остальные ожидали внизу, отлавливая патриотов, пытавшихся сбежать из гостиницы. Спустя около часа, Шинсенгуми подвели итог этой схватки: в столкновениях были ранены два воина Новой Гвардии (один из которых позже скончался), 16 патриотов были убиты на месте, ещё 20 были арестованы в течении следующего дня. Прошёл уже год с тех пор, как Шинсенгуми впервые появилась в Киото, и победа над превосходящими силами противника (при соотношении 1:3) показала её возросшее мастерство. Жители столицы всегда негативно относились к Волкам Мибу, но даже им пришлось признать, что в деле Икеда-я воины Шинсенгуми проявили доблесть и отвагу, стремясь предотвратить поджог Киото. Благодаря этому инциденту, Новая Гвардия приобрела чрезвычайную популярность, в результате чего увеличился приток денег и рекрутов