Мавр генерал Алексеев выполнил задачу, поставленную перед ним А.Ф.Керенским, однакож испытал при этом душевный дискомфорт. Точнее, гадливое чувство досады и раздражения. Неприятно было осознавать генералу, что оказался в руках Керенского, которого ненавидел и презирал, простым орудием, чуть ли не пешкой. Вот и ген. Корнилов те же самые чувства по отношению к своему, можно сказать, спасителю испытывал. Хотя он-то не мог не сознавать, что именно ген. Алексеев сделал все, что мог, для того, чтобы ликвидация мятежной Ставки прошла как можно «безболезненней».
Так что, сделавший дело мавр мог и хотел уйти: через несколько дней после ареста Корнилова и др., генерал Алексеев подал в отставку. А уж в своем рапорте он оттянулся: «Страдая душой, вследствие отсутствия власти сильной и деятельной, вследствие происходящих отсюда несчастий России, я сочувствую идее генерала Корнилова и не могу пока(!) отдать свои силы на выполнение должности начальника штаба».
Примерно через неделю, уже вернувшись в Петроград, он написал конфиденциальное письмо П.Н. Милюкову. В этом письме ген.Алексеев прямо указывал, что «дело Корнилова» не было делом «кучки авантюристов», что в него замешаны широкие круги «общественности». Теперь, когда сотни корниловских офицеров уволены, скрылись или арестованы, эта «общественность» обязана помочь им морально и материально. Алексеев просил Милюкова содействовать кампании по реабилитации корниловцев «в честной прессе» и через «господ Вышнеградского и Путилова» организовать сбор средств (300 тыс. руб.) для них и их семей. Генерал знал, с кем имеет дело. И приписал предупреждение: что в противном случае ген. Корнилов «вынужден будет широко развить перед судом всю подготовку, все переговоры с лицами и их участие...».
Письмо было послано с доверенным лицом, но не дошло до адресата. Милюкова в Петрограде не оказалось, и оно было передано либо Ф. Кокошкину, либо Ф. Головину (оба — видные кадеты). Через три месяца, в декабре 1917 г., ну совершенно неизвестным путем оно как-то так вот взяло и попало в редакцию «Известий», в которых его и пропечатали в статье «Участники корниловского заговора». Самое интересное, что в декабре еще продолжала существовать и плодила по инерции бумаги всеми забытая Чрезвычайная комиссия Временного правительства по делу генерала Корнилова, хотя самого Временного правительства уже никакого давно не было. И в Новочеркасск, где тогда находился генерал Алексеев, пошел запрос: что он, Алексеев, конкретно может сообщить об участии Вышнеградского и Путилова в корниловском деле? Бред какой-то. Ген. Алексеев здесь, в Новочеркасске, как раз вместе с Корниловым формировал Добровольческую армию. И генерал пошел к вызвавшему его новочеркасскому следователю «давать показания», что ничего-то он не знает о причастности Вышнеградского и Путилова к корниловскому делу.
Письмо Алексеева вот в каком отношении интересно: вряд ли Алексеев мог угрожать корниловскими разоблачениями на ожидавшемся суде без согласия на то самого ген.Корнилова. Письмо было, по-видимому, инспирировано Корниловым в те дни, когда Алексеев с прибывшей в Могилев Чрезвычайной следственной комиссией «безболезненно» ликвидировал Ставку или вскоре после того.