http://gramota.ru Судьба слова вынуть (правильно было бы выять, как изъять) уникальна. Слов без корней не бывает. Единственным исключением в русском языке является глагол вынуть, в котором выделяется приставка вы-, суффикс -ну- и суффикс инфинитива -ть. В результате исторических изменений сегодня слово вынуть осталось без корня. Но "вынимать" и "вынуть" действительно однокоренные. В слове вынимать корень -ним-, а в вынуть, образованном от вынять, был корень -ня, историческое чередование я - им (ср. понять понимать). Так что с уникальностью вроде порядок это слово единственное подобное в русском языке.
МОРФЕМА - минимальная значимая часть слова, совокупность морфов, имеющих одинаковое значение и ряд др. общих признаков. Морфема может быть представлена одним морфом (префикс вы-) или несколькими (-рук-/-рук'-/-руч-).