Террористы планировали сбросить поезд в глубокий лог реки Черная. Однако этого не произошло из-за того, что террористы не знали устройства железной дороги. Так, они не учли контррельсы, которые для защиты от диверсантов устанавливались на железных дорогах еще со времен Великой Отечественной войны. Взрывники неправильно выбрали место атаки и не рассчитали скорость движения состава — он по инерции проскочил взорванный участок. Да и взорвали они не тот рельс, который нужно, — удар взрывной волны справа направил поезд на междупутье, а не под откос. Таким образом, как полагают участники расследования, «Невский экспресс» взорвали не профессионалы, а террористы-дилетанты.