PDB (http://pdb.org) – база данных белковой структуры (protein data base). В настоящее время поддерживается группой организаций, объединенных в Исследовательский центр по структурной био-информатике (Research Collaboratory for Structural Bioinformatics, RCSB), созданной в основном Калифорнийским государственным университетом. Это открытая информация, доступная каждому по вышеуказанному сайту. Структура каждого белка, которая когда-либо была расшифрована, поступает сюда на хранение (сегодня там насчитывается около 50 тыс. записей).
Процедура проста до безумия. Вводим английское название белка, либо фамилию первооткрывателя, либо личный номер белка (enter a PDB ID); затем из предложенного списка вычленяем молекулярный файл. Открываем его программой RasTop, скаченной там же и радуемся. На моем скриншоте представлена пространственная структура ген-регулирующего белка на участке молекулы ДНК, полученная методом рентгеноструктурного анализа с разрешением в 2,5 ангстрема (извиняюсь за качество – некогда было Фотошоп запускать). Всю эту картинку можно крутить, вертеть, обрастить атомами, связями, рассмотреть со всех сторон, приблизить, «залезть» внутрь спирали и т.д. К структуре приписана молекулярная информация, из которой видны фамилии открывателей, метод, разрешение и даже последовательность аминокислот отдельных структур белка. К программе прилагается подробная инструкция для дебилов (кстати, почему-то Word подчеркнул это слово и предложил дебитов и Делибов). Рекомендуется всем медикам и биологам, интересующимся внешним видом разных биомолекул. Здесь есть все: иммуноглобулины, гемоглобины, ферменты, белки шелка, молока, бактерий и вирусов. Интересно и без напряга.
[501x472]