Благодаря своему всестороннему знанию галактических событий Серый Посредник посылает Ферона — дрелла, работающего на него, забрать тело капитана Шепард(а). В то же время Лиара Т’Сони, которая искала капитана с тех пор, как произошла атака, была завербована «Цербером», чтобы найти тело Шепард(а) и передать его учёным «Цербера». Изначально Ферон планировал вернуть тело Серому Посреднику, но когда узнал, что последний работает с Коллекционерами, изменил своё решение. В этом отношении он нанёс удар Серому Посреднику. Так как обе стороны хотели получить тело капитана, Лиара и Ферон решили, что отдать тело «Церберу» лучше, чем Коллекционерам.

Получив тело, «Цербер» запускает проект «Лазарь», в результате которого Шепард возвращается к жизни при помощи технологий вживления имплантатов и биосинтеза тканей. Через два года после атаки Шепард просыпается в лаборатории на космической станции «Цербера», которая подверглась нападению. Продвигаясь по станции, Шепард узнаёт о проекте «Лазарь» и об усилиях, затраченных на его (её) восстановление. На проект затрачено более четырёх миллиардов кредитов, при этом был риск, что Шепард психологически изменится в каком-то направлении, чего нельзя было допустить.

Пока капитан отсутствовал(а), целые человеческие колонии пропадали без следа. В результате игнорирования и бюрократической волокиты со стороны Альянса и Совета «Цербер» оказался единственной организацией, способной противостоять угрозе, и Шепард соглашается работать с «Цербером», чтобы разрешить эту загадку. Между тем, слухи о возвращении Шепард(а) создают проблемы. Создаётся мнение, что капитан — причина, по которой колонии исчезают (Призрак, преследуя свои цели, аккуратно пускает слух о том, что Шепард работает на «Цербер», дабы предотвратить возвращение последнего в Альянс, по крайней мере, в краткосрочной перспективе).

Шрамы на лице

Так как Шепард очнулся(лась) до полного восстановления, лицо капитана покрыто яркими шрамами, которые также будут являться показателем морали персонажа. Получение очков Героя заставит шрамы постепенно исчезать, в то время как получение очков Отступника сделает шрамы более заметными, показывая светящуюся кибернетику. Высокие значения очков Отступника также заставят дегенерировать глаза, вначале ведя к свечению в пределах секций радужной оболочки, а позднее глаза будут светиться красным цветом.

Сразу после получения доступа в техническую лабораторию «Нормандии» Шепард получает письмо от доктора Чаквас, объясняющее, что позитивное поведение вылечит шрамы. Также доктор говорит, что с помощью улучшения в медицинской лаборатории можно будет хирургически удалить шрамы и ускорить процесс выздоровления. Если игрок решит провести операцию, шрамы исчезнут, и моральный выбор больше влиять на них не будет. Данное улучшение стоит 50 000 платины. Само улучшение не исцеляет шрамы, но улучшает медицинскую лабораторию, где Шепард может вылечить шрамы в любое время.

Борьба с Коллекционерами
Под руководством «Цербера» Шепард собирает боевую команду, оснащает свой новый корабль всем необходимым и наносит решительный удар по базе Коллекционеров в центре Галактики. Подробнее эти события описаны в статье Нападения Коллекционеров в 2183–2185 годах. Возможным вариантом окончания этой миссии является смерть Шепард(а).

Предотвращение вторжения Жнецов в систему Бахака
В марте 2185 года Шепард получает от адмирала Хакета сообщение о захвате в плен Аманды Кенсон — учёного из Альянса, изучавшей ретранслятор на территории Батарианской Гегемонии. Расследование этих событий, освобождение доктора Кенсон и последующее уничтожение ретранслятора «Альфа» астероидом «Голгофа» предотвратило немедленное прибытие Жнецов в Галактику, но стоило жизни 305 тысячам батарианцев.

Противостояние Жнецам во время Вторжения 2186 года
После восстановления Шепард(а) в звании капитан-лейтенанта ВКС Альянса и возвращения под его (её) командование фрегата «Нормандия» основными его (её) задачами становятся заключение военных союзов с другими расами, привлечение войск для широкомасштабной операции по наступлению на Землю и поиск новых учёных и материалов для постройки Горна. Подробнее о ходе вторжения и деятельности Шепард(а) читайте в статье Вторжение Жнецов 2186 года.

Гибель
При активации Горна во время битвы за Землю Шепард встаёт перед выбором:

При помощи энергии Горна уничтожить всех Жнецов и остальных синтетиков в Галактике.
Занять место Катализатора, использовав Горн для захвата контроля над Жнецами.
Распространить свою ДНК через Горн для объединения органической и синтетической жизни.
Не применять Горн, что приведёт к поражению разумных рас и продолжению цикла жатвы.
В любом случае при применении Горна земное существование капитана Шепард(а) заканчивается: он (она) либо погибает во время взрыва, либо на основе его (её) личности создается новый конструкт, управляющий Жнецами, либо жертвует собой, превращаясь в материал для «новой ДНК».

Однако при очень высоком показателе боеготовности войск и выборе Уничтожения («красной» концовки) демонстрируется сцена, в которой некто с жетоном N7 на цепочке делает вздох среди руин. В файлах игры звук вздоха записан как Shepard_alive_male и Shepard_alive_female. При помощи программы RAD Video Tools можно открыть эти два файла, и мы увидим тот самый ролик. Это можно счесть свидетельством выживания капитана.

Интересные факты
Внешность стандартного Шепарда-мужчины была срисована с Марка Вандерлоо, голландской супермодели.
Озвучил капитана Шепарда-мужчину актёр Марк Мир (кстати уроженец Эдмонтона, города, где располагается штаб-квартира Bioware), как и всех персонажей расы ворка. Примечательно то, что изначально Мир должен лишь был записать временную озвучку, но в итоге прописался в трилогии на постоянной основе.
В англоговорящих странах неизвестных (первых участников судебного процесса, больных, убитых) всегда именуют как John Doe (Джон Доу) — мужчин и Jane Doe (Джейн Доу) — женщин. Поскольку фамилия не может быть изменена, героя зовут по умолчанию Джон Шепард или Джейн Шепард.
Персонажа назвали в честь Алана Шепарда, который был первым американцем, совершившим суборбитальный космический полёт, и капитаном корабля «Аполлон-14», совершившего третий пилотируемый полёт и высадку на Луну.
Имя капитана-мужчины по умолчанию может быть отсылкой к главному герою сериала «Звёздные врата: Атлантида» Джону Шепарду, который имел звание майора, а позже подполковника ВВС США.
Звание Шепард(а) в русском переводе — капитан, хотя это не совсем корректный перевод ввиду погрешностей перевода на русский англоязычной системы званий ВМС. Данное несоответствие обусловлено тем, что в англоязычных странах всех старших офицеров, командующих кораблями, называют капитанами. В англоязычной озвучке звание Шепард(а) — коммандер, что эквивалентно подполковнику ВВС или сухопутных войск, а также капитану второго ранга ВМС русскоязычных и ряда других стран.
Фамилия также может быть отсылкой к английскому слову shepherd, что переводится как «пастух».
BioWare опубликовали статистику имён Шепард(а). Оказалось, что большинство игроков оставляли базовые имена — Джон и Джейн. Среди других вариантов лидируют следующие: Джек и Сара, Джеймс и Кейт, Крис и Элис. Полную инфографику можно посмотреть в галерее ниже.
Если Шепард погибнет в конце игры Mass Effect 2, то сохранения нельзя будет импортировать в Mass Effect 3.
Если предыстория Шепард(а) — Землянин, то во время прослушивания «Новостей Галактики» на Иллиуме можно услышать, что в честь Шепард(а) назвали премию, которую выдают детям с трудным детством, в результате получения которой юноши и девушки могут пойти в военное дело.
При первом визите на Цитадель в Mass Effect 2 нас встретит охранник Харон, который скажет, что по показателям Шепард мёртв(а). В древнегреческой мифологии Харон — перевозчик душ умерших через реку Стикс.
В Mass Effect 2 реклама на Цитадели может сказать, обращаясь к Шепард(у): «Шепард, вы уже умерли? Предлагаем вам лучшие погребальные наряды от модельеров-азари. Ведь вы этого достойны!»
По словам Мэтта Родса, художника, работавшего над серией Mass Effect, в ранней версии сюжета Mass Effect 3 Шепард должен был улучшить себя технологиями Жнецов для выполнения своих целей, что должно было привести к конфликтам с Эшли/Кайденом.
Если прослушать интервью, представленные в квартире Андерсона (DLC: Цитадель), то можно узнать, что Шепард был в числе первого экипажа «Нормандии SR-1» в звании старпома, а ранее, когда Андерсона только назначили капитаном «Нормандии SR-1», директор проекта корабля приказал Андерсону взять лучших со своего предыдущего корабля «Токио». Отсюда очевидно, что Шепард также был в составе экипажа «Токио».
В ходе миссии Приоритет: штаб «Цербера» игрок может получить доступ к ряду видеозаписей организации с нескольких терминалов. Видеозаписи, доступные с одного из терминалов, посвящены проекту «Лазарь» — и в одной из них сообщается, что мозг Шепард(а) умер в результате длительного кислородного голодания ещё до того, как тело, в конечном итоге полученное «Цербером», было заморожено; таким образом, Шепард действительно был(а) мертв(а) в полном смысле слова. Никакие подробности насчёт того, как именно в дальнейшем был восстановлен мозг капитана, при этом не раскрываются (Шепард может высказать предположение, что его (её) нынешняя личность является лишь ВИ, — однако эта информация противоречит результатам диагностики, произведённой доктором Чаквас в Mass Effect 2).
Шепард не умеет танцевать. Но может научиться, если в Mass Effect 2 в миссии на лояльность Самары потанцует с азари в клубе «Загробная жизнь» на Омеге. После этого в Mass Effect 3 в клубе «Чистилище» на Цитадели Шепард будет демонстрировать чудеса танца. Однако в DLC: Цитадель Шепард по-прежнему танцует в своём старом стиле.
В книгах Шепард упоминается лишь единожды — в «Mass Effect: Возмездие», когда Андерсон пытается придумать способ помочь Кали Сандерс спасти Грейсона, он сначала решает связаться с капитаном, но потом вспоминает, что Шепард находится на «секретном задании Альянса» (учитывая дату, можно предположить, что речь идёт о спасении доктора Кенсон).