Если кому-то жизненно необходим кодек g729 под FreeBSD, то, как ни странно, он уже существует в портах. Собираем (недостающее подтянется автоматом в зависимостях) порт audio/msbcg729 (в данном случае "ms" -- не Microsoft, а "Mediastreamer"), после чего в списке доступных кодеков того же linphone появится и g729.