Вначале немного о сканировании. Если Вы собираетесь когда-либо распечатывать отсканированное изображение (на принтере, как фотографию в фотолаборатории и т.п.), то выбирать разрешение сканирования нужно 300 dpi. Можно брать и больше, но в большинстве случаев 300 будет достаточно (правда, если картинка совсем уж микроскопических размеров, то большее разрешение позволит ее увеличить на печати, в разумных пределах). Если же Вам нужно выложить картинку в интернете на страничке, то достаточно будет 72 dpi - именно такое разрешение используют в web.
После сканирования, изображение можно немного улучшить, поиграв настройками. Для этого нужно выбрать в меню пункт Images, в нем пункт Adjustments, а здесь
Если при сканировании или фотографировании Ваша картинка оказалась немного повернутой, это можно легко исправить. На панели инструментов выберите инструмент "Measure Tool" (линейка, находится там же где и пипетка, или можно нажать клавишу I несколько раз до появления этой линейки). Теперь определите на картинке её часть, относительно которой можно выровнять изображение, и нажмите этим инструментов на одном краю этого фрагмента и с нажатой клавишей мышки нажмите на втором краю этого фрагмента. Появится линия. Кроме того, сверху на панели Вы можете увидеть значение угла наклона получившейся линии (А: 1,5°, например). Теперь выберите пункт меню Image >> Rotate Canvax >> Arbitrary... и нажмите на Ok. Вся картинка повернется на выбранный Вами угол. Если Вы не совсем точно определили угол, попробуйте повторить эти шаги еще раз. А чтобы определить угол поточнее, приблизьте картинку, нажав Ctrl + несколько раз.
Если Вам нужна только определенная часть Вашего изображения, выберите инструмент Crop Tool на палитре инструментов (или нажмите клавишу C), обведите нужную часть картинки прямоугольником и нажмите Enter. Изображение будет обрезано так, как Вы обвели.