Ганимед в равной степени состоит из силикатных пород и заледеневшей воды. Это в полной мере дифференцированное небесное тело, богатое на железо, с жидким ядром и внешним океаном, в котором может быть больше воды, чем по всей Земле в сумме всех ее океанов.

Поверхность Ганимеда отличается двумя типами рельефа. Темные регионы сателлита насыщенны кратерами от столкновений с астероидами, произошедших предположительно 4 миллиарда лет тому назад. Эта форма рельефа покрывает примерно треть спутника.