1940 г., Германия полна надежд на скорый передел мира. Министр пропаганды Геббельс приказал искусствоведам подготовить список германских культурных ценностей, оказавшихся у иностранцев. Включили в список и Янтарную комнату. Оккупировав город Пушкин осенью 1941 г., фашисты начали «работу над ошибками»: демонтировали Янтарную комнату, которую не успели эвакуировать советские музейщики, и вывезли её в Кёнигсберг. Украденные янтарные панно разместили в одном из залов Королевского замка. Но нацисты недолго любовались своим трофеем: в августе 1944 г. после налёта английской авиации в замке возник сильный пожар.
Янтарную комнату вновь демонтировали, упаковали панно в ящики и… надёжно спрятали. Последнее документальное свидетельство – письмо директора городского музея искусств Альфреда Роде своему руководству в Берлин, датированное 2 сентября 1944 г.: «Несмотря на полное разрушение Кёнигсбергского замка… Янтарная комната, за исключением шести цокольных элементов, цела и невредима». Это всё, что известно наверняка.

Искать янтарное сокровище начали сразу после победы. В подвалах и подземельях Кёнигсберга советским солдатам и музейным работникам удалось найти немало украденных нацистами ценностей, но никаких следов Янтарной комнаты обнаружено не было. Рассчитывали на содействие Альфреда Роде, но он темнил: ссылался на контузию, плохую память и т.п. Казалось, профессор был кем-то смертельно напуган. В конце 1945 г. Роде и его жена исчезли. Ходили слухи, будто их убили те, кто не желал возвращать Янтарную комнату Советскому Союзу. Это было лишь первое звено цепочки загадочных смертей.

В 1945 г. в Кёнигсберге майор госбезопасности Иван Курица узнал о человеке, который может указать тайник с сокровищами Янтарной комнаты. Вскочив на мотоцикл, офицер поспешил на встречу со свидетелем. Но кто-то натянул проволоку поперек дороги, мотоциклисту отрезало голову. А того, к кому спешил майор, нашли дома задушенным.
Немецкого фермера Георга Штайна называли «Индианой Джонсом Янтарной комнаты», он искал её больше 20 лет. Неоднократно Штайн получал угрожающие письма с предупреждением — прекратить поиски. В 1987 г. в его руках оказались сенсационные документы, он решил созвать пресс-конференцию и обнародовать полученную информацию. В письме к другу Штайн писал: «Нам не имеет смысла искать Янтарную комнату в Европе, она давным-давно находится в Америке». Но пресс-конференция не состоялась. Немецкие газеты сообщили: Штайн покончил с собой, вспоров живот кухонным ножом. Мало кто поверил официальной версии о самоубийстве.

Всего через три недели после этой трагедии погибает немецкий писатель Пауль Энке, автор нашумевшей книги «Репортаж о Янтарной комнате». Здоровый 52-летний мужчина скоропостижно скончался от воспаления поджелудочной железы. В конце 1992 г. первый заместитель начальника ГРУ России генерал-полковник Юрий Гусев дал несколько интервью о судьбе Янтарной комнаты.