
Название города происходит от первоначальной формы «Тотма» (или «Тодма»), что трактуется на одном из финно-угорских языков как производное от «низкая болотистая местность».
Существуют и другие версии.
Возможно, название образовано от древнего дославянского пермского, означающего «мокрое место, поросшее елями и кустарниками».

Возможно, «Тотьма» переводится как «город, колдующий воду», что объясняется тем, что река Сухона два раза в год меняет направление своего течения. Сухона берет начало в Кубенском озере, а когда в половодье уровень воды в реке выше, чем в озере, она начинает менять направление течения в районе города Тотьма.
Также есть легенда о том, что Петр I в свой первый приезд в Тотьму сказал: «То не город – то тьма».