Завербованный в Бюро после изучения психологии в Оксфорде, специальный агент Фокс Малдер уже в начале карьеры показал свою склонность к нетривиальному. Ранняя монография Малдера о серийных убийцах и оккультизме способствовала поимке опасного преступника. Это и помогло Малдеру продвинуться по служебной лестнице и завоевать доверие начальства, обеспечив себе работу в проекте «Секретные материалы». После сеанса регрессивного гипноза Малдер уверовал в то, что его сестру Саманту похитили пришельцы, когда она, как и сам Фокс, была ребёнком. С тех пор Малдер дал себе слово, что обязательно найдёт свою сестру. За этот поиск истины ему пришлось дорого заплатить: заговорщики убили отца и мать Малдера, но они не могли убить его, потому что Малдер - «полезен для распространении лжи». В эпизодах 7х10 «Бытиё и время» и 7х11 «Закрытие» Фокс узнаёт всю правду о его сестре: после того, как Саманта была похищена инопланетянами и подвергнута различным опытам, какое-то духовное вмешательство прибыло ей во спасение и перенесло её душу на небеса. В конце концов, Малдер и сам стал «секретным материалом», потому что он был похищен НЛО. Его возвратили мёртвым, но благодаря Скалли Малдер полностью выздоровел. Однако самое тяжёлое испытание ждало Малдера впереди: чтобы сохранить свою жизнь, он ушёл из ФБР и уехал от Скалли и их ребёнка - Уилльяма