В ISPmanager перестал запускаться phpmyadmin, вроде бы ничего не делал. Вспомнил уже когда нашел решение, ставил APC модуль. Решение оказалось простым, нужно отключить ускорение для phpmyadmin.

php_admin_flag apc.enabled off - добавить в файл конфигурации apache для панели управления mysql.

Ошибка которая выдавалась в браузере выглядела так (искал по ней в поисковиках): "Сервер разорвал соединение, не отправив данные"