Пара цитат:

If you have the choice between the two, FastCGI is strongly encouraged because it is easier to set up, more actively developed and tested.

(отсюда: http://www.lifewiki.net/sixapart/MTPerformanceTuning)

Был у меня опыт работы с mod_perl под Windows. Вроде бы всё зелюкало и очень быстро обрабатывалось... Но периодически (раз в 3-4 часа) сервер просто переставал работать с mod_perl, в то время как статические страницы отдавались без проблем. Приходилось рестартовать Apache. Всё было написано в лучшем духе и по рекомендациям perl.apache.org.

Поглядев на это безобаразие, я плюнул и адаптировал скрипт под FastCGI. С ним проблем не было.

(отсюда: http://forum.dklab.ru/perl/heap/Mod_perl.html?highlight=fastcgi%2A+fastcgi)

Сам я, немного покопавшись в доках, тоже понял, что программировать и тем более переносить готовый проект с CGI под FastCGI гораздо проще, чем под mod_perl.

Но mod_perl тоже на свалку отправлять пока не стоит, технология живёт и развивается.