На 2.4.28 (и на 2.4.31) время от времени сервер беспричинно
тормозил. В лидерах top-a kupdated. Сервисы вроде те же,
ничего не менял..., а тормозил так, что инет не пролазил.

Поиск ничего не дал. Да, не у меня одного, kupdated мог до 99% проца.
Нет, к КДЕ отношение не имеет. Да, ещё в 2.2 пофиксили. И всё.

Поэтому перешел на 2.6. Довольно плавно, emerge udev hotplug colplug и module-init-tools. iptables перекомпилил. И проблема решилась.

В 2.6 можно с i/o sheduler-ом поиграться, но вроде i/o не сильное,
и с дефолтовым всё нормально.