плагин для фотошопа даёт возможность сохранять из ФШ расширение ICO
http://www.iconfactory.com/ibxp_home.asp
втом числе и с альфой


Программ достаточно много ...
одна из них Студия Иконок
вот ссылочка http://freesoft.ru/pageview.html?id=669094&dl=0
попробуй, или в поисковике поищи)