Святые отцы Церкви запрещают делать какие-либо пометки в книгах Священного Писания, из чувства глубокого благоговения пред словом Божиим, содержащимся в них.

Это также недопустимо, как, скажем, придя в храм, делать нужные тебе записи на его стенах.

Недопустимы выделения текста цветным маркером. Человек меняется, совершенствуется в познании божественных вещей и его восприятие Писания меняется. Вот почему то, что он выделил, как важное себе, вчера, становится ненужным сегодня, а другое, более важное сегодня, требует выделения цветом. Таким образом вся книга будет выделена, что лишает всякого смысла само выделение.

Известно, что многие еретики и лжеучителя безстрашно подчеркивали места в Писании. Например, так делал еретик и богоборец Л.Н.Толстой.

В изучении слова Божьего, которое все богодухновенно, не следует опираться на внешние пометки, подчеркивания и прочее, что допустимо в научных и других человеческих текстах. Здесь надо довериться действию благодати, которая сама будет всегда отмечать для нас нужные места остановкой на них внимания или благодатным напоминанием его в нашей памяти.

В книгах святых отцов Церкви (принадлежащих лично нам), особено деятельных, можно помечать, делать выделения цветом, подчеркивать важные места и т.п. Эти книги являются для нас учебниками подвижничества, покаяния и молитвы, вот почему мы можем делать их удобными для себя конспектами.

http://www.omolenko.com/919.html