Источник - Карла Шредер. Linux. Сборник рецептов. Перевел с английского Е. Матвеев

Стандартными средствами Linux сгенерируйте список всех файлов в системе
перед установкой. Затем сгенерируйте аналогичный список после установки и
сравните два списка командой diff. В результате вы получите список установ-
ленных файлов. В следующем примере используется программа JOE ( Joe's Own
Editor):
# find / | grep -v -e A/proc/ -e Vtmp/ -e ~/dev/ > joe-preinstall.list
Откомпилируйте и установите новую программу, затем сгенерируйте список
файлов после установки:
# find / | grep -v -e */proc/ -e */tmp/ -e */dev/ > joe>postinstall.list
Затем создайте список установленных файлов, сравнив два списка командой diff:
$ diff joe-preinstall.list joe-postinstall.list > joe-installed.list

Думаю нет смысла более подробно описывать что тут на что надо менять чтобы получить необходимое.
Таким образом вы сможете узнавать какая собака зарыта на вашем сайте и где и как ее искать