Богоявлéнская церковь расположена на Гутуевском острове по адресу: Двинская ул., д. 2.
Храм построен в память чудесного спасения Цесаревича Николая (будущий святой страстотерпец царь Николай II). 29 апреля 1891 года во время проезда Наследника Цесаревича через город Отсу в Японии он был ранен в голову саблей японским фанатиком. В первую годовщину покушения на Цесаревича по благословению митрополита Исидора /Никольского/ состоялась закладка храма. Архитектор - Василий Андреевич Косяков. При храме были открыты церковно-приходское попечительство, бесплатная библиотека, приходской хор любителей церковного пения. Трёхпрестольный храм Богоявления вмещает до 1200 молящихся, Алтарная часть отделялась одноярусным иконостасом, выполненным из фаянса на знаменитой фабрике М.С.Кузнецова, и отмечен был наградой на Всемирной Выставке в Париже в 1900 г. Запрестольный образ Тайной Вечери, написанный во всю алтарную стену, виден был с любого места в храме. Выше над Тайной Вечерей, помещался образ Крещение Господне; изображенные на нем берега Иордана и окружающий пейзаж были выполнены А.С.Сланцевым с натуры, для чего он специально ездил в Палестину. В главном куполе барабана на высоте более 30 метров написан образ Спасителя. В нижней части барабана, помещался аркатурно-колончатый пояс, интерколюмнии которого были заполнены 32 иконами - праотцы, пророки и апостолы. Настенная живопись храма была выполнена А.С.Сланцевым, орнаментальная роспись - К.Н.Бутаковым, иконы в киотах и барабане написаны - А.М.Постниковым. Для освещения здания была разработана уникальная система электрического оборудования на 450 лампочек. Интерьер храма освещали три бронзовых золоченых паникадила высокохудожественной работы. Здание имело уникальное отопление, спроектированное Б.К.Правдзиком.
В мае 1935 года церковь была закрыта. Полностью были утрачены шатры и главки, внутреннее убранство и иконостас, большинство архитектурного декора, в том числе и майоликовые иконы и узоры купола. Впоследствии в церкви находились овощебаза, склады, мыловаренный завод и морг, она была обнесена бетонной оградой.
Во время Великой Отечественной войны в храме произошёл пожар, в ходе которого здание сильно пострадало.
В 1991 году изуродованный и обезображенный храм в аварийном состоянии был возвращён церкви. От былой красоты не оставалось буквально ничего. Обезглавленный, с закоптившимися стенами — так он тогда выглядел. В Богоявление, 19 января 1992 года в храме состоялось первое богослужение. В том же году начались восстановительные работы, которые снаружи уже завершились, за исключением узоров на куполе. 4 мая 1995 года на купол был поднят крест. Так, после долгих лет реставрации храм, находившийся в ужасном состоянии, вновь засиял во всём своим былом благолепии. В 2005 году была демонтирована бетонная ограда. Примерно в 2010-11 г. храм обнесен новой оградой, она повторяет утраченную в 2006 г. старую ограду. Сейчас ведётся реставрация внутри, росписи частично восстановлены, в сентябре 2012 г. освящен заново созданный керамический иконостас. Сейчас в церкви проводятся регулярные службы.
