Исходное сообщение BattlePorQНу в докерах - это как раз и гуд. Ты же можешь в таком случае поднять несколько инстансов базы, только слушать на разных портах. Берешь делаешь бэкап текущей базы, потом поднимаешь его и смотришь, что не так по сравнению с ломаным бэкапом. Давно с мусклей не работал, но не помню, чтобы таблица бэкапилась по айди. Обычно идентификатор же table_name. В том же постгрес больше заморочекв этом плане, при развертывании бэкапа на другом домене нужно учитывать это. Первый раз про такое слышу.
FreedomBreeze, сам удивился, но тем не менее. Из *.sql - бэкапа поднимается с другими id таблиц.
А что до приличных людей - это готовое решение, которое приходится поддерживать, но не допиливать. И сделано оно именно на MySQL+InnoDB. Да ещё и в докерах.