Делегаты собора сделали свой выбор из двух кандидатур: в бюллетене для голосования значились — местоблюститель патриаршего престола митрополит Кирилл и управляющий делами Московской Патриархии митрополит Климент.

Митрополит Кирилл набрал 508 голосов членов Поместного собора, а управляющий делами Московского Патриархата митрополит Калужский и Боровский Климент — 169.

На вопрос, согласен ли он принять этот сан, Кирилл ответил: «Избрание меня Поместным собором Русской Православной Церкви Патриархом Московским и всея Руси приемлю». После этого в храме Христа Спасителя начался благодарственный молебен.

Перед голосованием утвержденный Архиерейским собором в качестве третьего кандидата экзарх всея Белоруссии Филарет снял свою кандидатуру в пользу владыки Кирилла. Тем самым отпала теоретическая возможность проведения второго тура в случае, если никто не набирает более половины голосов.

Патриарший престол освободился после кончины 5 декабря 2008 года 15-го Патриарха Московского и всея Руси Алексия Второго.