В ходе массовых экзекуций евреев нацистами и литовскими коллаборационистами в 1941 году из примерно 250 000 человек осталось около 40 тысяч, которые были сосредоточены в гетто в Вильнюсе, Каунасе и ряде других городов, и в конечном счете, депортированы в концентрационные лагеря рабского труда и уничтожения.
К концу 1941 года большинство сельских еврейских общин в Литве было также уничтожено немцами и их литовскими помощниками.