Источники финансирования «Медузы», до этого момента державшиеся в тайне, были обнаружены при внимательном изучении финансовой отчётности издания. В числе грантодателей оппозиционного СМИ оказались две западные организации, которые в своё время являлись партнёрами Джорджа Сороса. Одна из них также финансировала проект участниц Pussy Riot и российские ЛГБТ-сообщества. Сведения о заключённых соглашениях содержатся в финансовой отчётности латвийской фирмы Medusa Project SIA за 2017 год. С документами ознакомился RT. По мнению депутатов Госдумы, на основании этих документов «Медуза» может быть признана иностранным агентом. В свою очередь, у независимых аудиторов вызывает серьёзные сомнения будущее работы компании.

Интернет-издание «Медуза», основанное бывшим главредом Lenta.ru Галиной Тимченко, получало гранты на свою деятельность от двух западных организаций — OAK Foundation и правительственного агентства SIDA. Сведения о заключении соответствующих договоров содержатся в финансовой отчётности фирмы Medusa Project SIA за 2017 год.