Фамилия Малышко имеет украинское происхождение. Очень широко распространена по всей территории Украины, южных областях Белоруссии и западных районах России.
Фамилия Малышко является довольно уникальной в областях России и стран ближнего зарубежья. В сохранившихся очень старых данных жители с этой фамилией являлись важными персонами из славянского киевского дворянства в 15-16 в., имеющих в своем распоряжении почтенную государеву привелегию. Исторические свидетельства фамилии можно обнаружить в реестре переписи Всея Руси в период Ивана Грозного. У великого князя имелся особенный реестр уважаемых и приятнозвучащих фамилий, которые давались приближенным только в случае особых заслуг или поощрения. Тем самым сия фамилия донесла личное оригинальное происхождение и является редкой.