Используемая в Windows файловая система сильно подвержена фрагментации.

Юниксовые ФС действительно заметно меньше фрагментируют файлы. Например, XFS - там идея состоит в том, что данные на диск не пишутся до тех пор, пока хватает памяти. Соответственно есть возможность перегруппироовать данные при записи, чтобы не было фрагментации. Ну и должно быть понятно, почему вообще нет средства дефрагментации для XFS - она расчитана на разделы по много терабайт, представляете сколько такой раздел будет дефрагментироваться? Так что эта ФС создавалась с расчетом, чтобы фрагментации вообще не возникло.

Общепринятая ext4 и предшественник ext3 без тюнинга для стандартных задач не требует внимания. Для нестандартных - надо оттюнить один раз и всё.

UFS2 из FreeBSD тоже не требует внимания.