Собор был основан в 1693. В XVIII веке его собирались расширить, но не успели — во время пожара 3-го августа 1716 он полностью сгорел.В 1718, расчистив пепелище, заложили новый Богоявленский собор, которому суждено было стать третьим по счету каменным городским зданием. Его строили пять лет. После последующих пожаров собор уже полностью не сгорал, но несколько раз достраивался и перестраивался, в том числе после происходивших землетрясений.
После Октябрьской революции Собор Богоявления был закрыт для верующих. В его здании разместился кондитерский цех хлебозавода.
К началу 1960-х от собор был в плачевном состоянии, вот все, что от него осталось.
В 1960 г. Богоявленский собор вместе со Спасской церковью были поставлены на учет и охрану как памятники республиканского значения. В 1967 г. хлебозавод вынесен из здания, и в нем начались реставрационные работы. Главным проектом реставрации и руководителем работ была назначена Г. Г. Оранская, сотрудница Всесоюзного производственного комбината Министерства культуры СССР. Здание собора находилось и аварийном состоянии. "Натурные обследования выявили многочисленные переделки, нарушившие древние конструкции. Были ослаблены междуэтажные перекрытия, разрушены своды, полностью разобрана трапезная собора, перестроена колокольня. Почти все арочные проемы были растесаны, первоначальные проемы заложены. Поздними, не характерными для памятников были крыши и главы".
Реставрация Богоявленского собора велась с 1967 по 1985 г. Проделана огромная работа по восстановлению памятника. Восстанавливать следовало облик собора XVIII в. Но каким он был? Исследований истории строительства памятника, его архитектурных особенностей практически не сохранилось. Прежде всего нужно было собрать исторические сведения, и Оранская работает в архивах Иркутска, Тобольска, Енисейска, Москвы, Ленинграда. Ей помогали энтузиасты Иркутска. Одновременно всесторонне исследовался, обмеривался, изучался сам памятник; выявлялся первоначальный облик собора, выяснились поздние дополнения, переделки, утраты.
Но в интересах дела необходимо взглянуть на реставрацию собора Богоявления и критически. В Иркутске будут восстанавливаться еще десятки памятников архитектуры, и сейчас пора выявить ошибки в реставрационном деле, чтобы не повторять их в будущем.
По законам реставрации, восстанавливается, насколько возможно, первоначальный вид памятника, т. е. мы сейчас должны бы видеть собор Богоявления таким, каким он был в XVIII в. Но это далеко не так. Во-первых, не восстановлено пятиглавие на куполе основного объема. Сейчас там возвышается только одна глава, а четыре боковые главки, по мнению ученого совета Всесоюзного научно-реставрационного комбината, не могли быть восстановлены, так как в натуре не сохранилось точных следов, кроме опор, свидетельствующих о том, что главки были деревянные. Звучат эти доводы неубедительно, и А. Д. Фатьянов в своей статье еще в период реставрации писал, что "есть все данные, чтобы воскресить собор в первозданном виде, то есть восстановить и шатер и пятиглавие". Ведь на изображении Богоявленского собора, выполненном Н. Красовским в 1738 г., довольно точно представлены все пять глав, их расположение. Пятиглавие придавало памятнику большую выразительность и законченный образ.
Во-вторых, с северной стороны Петропавловского придела был пристроен в середине XVIII в. придел Всех Святых. По логике вещей, его нужно было сохранить, как сохранены приделы Иоанна Предтечи и Казанский, построенные в то же самое время. Но в период реставрации, несмотря на протесты музейных сотрудников, он был разобран. Утверждение архитектора, что это поздняя пристройка, неубедительно.
В-третьих, непонятно, почему не восстановлены подвалы. "Обе каменные церкви, и Спасская и Богоявленская, устроены были на сводах; пустота под сводами предназначалась для церковных кладовых, и под этими же сводами были устроены печи, которые в Богоявленском соборе существовали до 1832 г. и представляли несомненно лучшее во всех отношениях удобство против нынешних, поставленных на поверхности в самом храме. При Иннокентии I, по просьбе Провинциальной канцелярии, в подсводных кладовых Богоявленского собора помешалась государева казна, вывозимая при караванах из Пекина. А Иннокентий II и под Спасскою, и Богоявленскою церковью кладовые дозволил отдавать купечеству для помещения товаров (за неимением каменного гостиного двора), с платежом в пользу церквей с той и другой кладовой одного рубля в месяц". Эти подвалы постепенно засыпались в период деятельности хлебозавода, а во время реставрации их засыпали окончательно.
Особое внимание во внешней отделке Собора приковывают изразцы, сюжеты которых навеяны полузабытыми древнерусскими преданиями и образами: вот птица Сирин, здесь единоборство льва с единорогом. Собор явился как бы связующим звеном между архитектурой древнерусского посадского храма и приемами и формами барокко. Памятник имеет уникальное для Иркутска декоративное оформление многоцветными поливными изразцами с изображениями мифических животных и цветов. В Сибири известно пока только три архитектурных памятника, украшенных изразцами — Собор Богоявления в Иркутске, Троицкая церковь в Енисейске и Тюменский Благовещенский собор.
В 2002 году завершилась роспись алтаря, а
в 2003 году — фасад здания. Мастерами-иконописцами приведено в подобающий вид более 300 квадратных метров внутреннего убранства.Во время 18-летней реставрации многое удалось воссоздать, но полностью прежний облик храму возвращен не был.
источники https://kvartirka.com/blog/sobor_bogoyavleniya_irkutsk/
https://sobory.ru/photo/279226