Родился в лондонском районе Пентонвил, на севере британской столицы. Изучал живопись сперва в Лондоне, в местной Школе дизайна, затем для продолжения художественного образования уехал в Париж. Там был учеником французского живописца Тома Кутюра. После возвращения в Англию с 1861 года длительное время жил в городке Эйлсберина юге страны, где создал наиболее известные свои работы, в том числе полотна «Жюри присяжных» и «Земельный аукцион». Был членом Общества британских художников (SBA). Произведения Джона Моргана несут на себе влияние таких мастеров, как Томас Уэбстер и Уильям Пауэлл Фрайт.

Сын Джона Моргана, Фредерик Морган, также был известным художником.