В город, находящийся на берегу океана, возвращается после долгого отсутствия юноша по имени Кота. Он селится в доме, где когда-то жила его двоюродная сестра Юта – друг детства, которая любит его с самых малых лет. Оба они поступают на учёбу в один и тот же колледж.
Дом, где поселился Кота, когда был гостиницей, семья Юты приняла его с условием, что он будет поддерживать здесь порядок. Однажды вечером, прогуливаясь по берегу океана, ребята увидели обнажённую девушку, выходящую из воды. У неё были огненные волосы и маленькие рожки на голове, она говорила только одно единственное слово «ню». Девушка была настолько невинна и беспомощна, что ребята поселили её в доме у Кота и стали называть Ню. Они даже и не подозревали, что приютили у себя опасное женское существо диклониуса, которое звали Люси.
Люси сбежала из усиленно охраняемой экспериментальной лаборатории, и теперь её ищет спецназ и полиция, у которых есть приказ стрелять на поражение.
Диклониусы – это люди-мутанты, которые считают себя избранными Бога, обладают необыкновенными способностями и стремятся уничтожить всё человечество. Люси является самой опасной из диклониусов, поскольку может иметь потомство. Лаборатория, из которой бежала Люси, находилась на берегу океана, при побеге её серьёзно ранили в голову, но ей всё-таки удалось прыгнуть в воду.
Диклониусам свойственно раздвоение личности. Пуля, попавшая в голову Люси, усилила эту болезнь, поэтому девушка из умной и озлобленной превратилась в добрую и милую, с интеллектом младенца. Это и ввело в заблуждение Коту и Юту, которые приютили у себя нежную Ню, способную в любой момент может превратиться в несущую смерть Люси.
Вихрь необыкновенных историй, захватывающие приключения Коты, Юты и Ню-Люси – всё это сюжет мультфильма «Эльфийской песнь».