блѣдный
вѣд- («вѣдать» в смысле «знать», но не в смысле «вести») и производные вѣж-, вѣст- и т. д. (вѣдать, совѣсть, вѣдьма, невѣста, вѣжливый, невѣжда, свѣжiй, вѣщiй, медвѣдь, …) но: «веду (за руку)», «весталка» (латинское заимствование), «праведникъ» («пра-» здесь не приставка).
вѣко
вѣкъ (вѣчный, человѣкъ, увѣчить, …)
вѣнецъ, вѣнчать, вѣно, …
вѣр- (вѣра, вѣрно, вѣроятно, …) но: вертѣть, вернуть
вѣс- (навѣсъ, вѣшать, …)
вѣт- (вѣтвь, вѣтка, …) но: ветхий, ветошь.
вѣять, овѣвать, вѣтеръ, …
гнѣв-
гнѣдой
гнѣздо
грѣх- (грѣшникъ, …)
дѣва
дѣвать, дѣть, надѣвать, одѣть, одѣяло, …
дѣдъ
дѣл- (дѣло, дѣлить, недѣля, предѣлъ, выдѣлять, дѣйство, содѣянный, свидѣтель, …)
дѣль
дѣт- (дѣти, дѣтскiй)
дѣть
ѣда
ѣсть (кушать), ѣла, … — но: «есмь», «есть» (формы «быть»)
ѣхать, ѣздить, выѣзжать, …
желѣзо (желѣзный, …) но: железа (орган)
загнѣтка, но: гнётъ
затѣя (затѣйник, …)
звѣзда (также во множественном числе: звѣзды)
звѣрь
зѣв- (зѣвать)
зѣница, но: зенит
змѣй
зрѣть
индѣецъ
калѣка, калѣчить, …
клѣтка, клѣть, …
колѣно
крѣп- (крѣпость, …)
лелѣять
лѣв- (лѣвый, …) но: левъ (зверь)
лѣзть, лѣстница
лѣнь
лѣп- (лѣпить, нелѣпо, слѣпой, …)
лѣсъ (но: леска)
лѣт- (лѣто, десятилѣтiе, …) но: летать
лѣха
лѣч- (лѣкарь, лѣчить) но: прилечь
мѣдь
мѣл- (порошок, или чертёжный мел, но: мелкий, мёл (двор), мельница)
мѣн- (обмѣнять, мѣна, …)
мѣр- (мѣра, намѣренiе, примѣръ, …)
мѣс-, мѣш- (мѣсить, мѣшать, мѣшокъ, смѣсь, …)
мѣст-, мѣщ- (вмѣсто, замѣститель, мѣщанинъ, смѣщенiе, … но: вымести)
мѣсяцъ
мѣт- (в значении «замечать», но не в значении «метать»): мѣтко, помѣтка, … но: опрометью
мѣхъ, мѣшокъ
мѣшкать
млѣть
мнѣнiе
нѣга, нѣжный, нѣжиться, …
нѣдра
нѣм- (нѣмой, нѣмецъ, …)
нѣмой
(обѣдъ, обѣтъ — от других корней)
орѣх- (орѣшник, …)
печенѣгъ
пѣгiй
пѣна
пѣнязь
пѣстовать
пѣть (пѣвецъ, пѣсня, пѣтухъ, …)
пѣш-, пѣх- (пѣшiй, пѣхота, …)
плѣнъ
плѣсень
плѣшь
полѣно
прѣсный
прѣть
рѣд-, рѣз-, рѣж- (рѣдкiй, рѣзать, …)
рѣдька
рѣпа (но: репейникъ)
рѣсница
рѣт- (изобрѣтать, обрѣсти, встрѣтить, …) но: запретъ
рѣч-, рѣк- (рѣка, рѣчь, нарѣчiе, … но не в глаголах: изречь, обречь, …)
рѣш- (прорѣха, рѣшать, рѣшето, рѣшётка, …)
свѣж- (освѣжать, …)
свѣт-, свѣч-
свирѣпый
сѣверъ
сѣвъ, сѣмя, сѣять, рассѣянный, … (но: семья, семенить)
сѣдой
сѣно, сѣни
сѣнь (осѣнять)
сѣра, сѣрый
сѣсть (сѣлъ, сѣдло, сосѣдъ, …)
сѣт- (сѣть, посѣщать, …)
сѣтовать
сѣч-, сѣк- (сѣчь, подсѣкать, …)
слѣд- (слѣдствiе, выслѣживать, наслѣдство, …)
слѣпой
смѣть
смѣх- (смѣяться, высмѣивать, …)
снѣг-
совѣт-
спѣ- (успѣхъ, поспѣшно, доспѣхъ)
стѣна (застѣнок, застѣнчивый, …)
стрѣл-
стрѣха
телѣга
тѣ- (затѣя)
тѣло (но: «стелить», «постель»)
тѣнь (оттѣнок, …)
тѣсный (стѣснять, …)
тѣсто
утѣха
хлѣб-, но: хлебать
хлѣвъ
хрѣнъ
хѣръ (старое назв. буквы Х)
цвѣт-, цвѣч- (цвѣла, цвѣтенье, …)
цѣвьё, цѣвка, цѣвница
цѣд- (цѣдить, цѣженный)
цѣл- (цѣлый, цѣловать, …)
цѣн- (цѣна, оцѣнка, …)
цѣп- (цѣпь, цѣплять, оцѣпенѣть, …)
«Ять» пишется в именах:

Алексѣй
Вѣна
Глѣбъ
Днѣпръ
Днѣстръ
Елисѣй
Еремѣй
Матвѣй
Нѣманъ
Рогнѣда
Сергѣй
Фадѣй
апрѣль

«Ять» пишется также в словах: нѣтъ, гдѣ, нынѣ, двѣ, двѣсти, двѣнадцать, всѣ, онѣ, однѣ, обѣ, здѣсь, зѣло и в некоторых других словах, например в церковном слове «голѣмый» (великий). Как исключение, ять пишется вместо звука «ё» в словах: звѣзды, гнѣзда, сѣдла, издѣвка, смѣтка, медвѣдка, вѣшка, вдѣжка, цвѣлъ, обрѣлъ, зѣвывалъ, надѣвывалъ, надѣванъ, запечатлѣнъ, подгнѣта.
Слова «реять» и «копейка» могут писаться как через «е», так и через «ять». Слово «хер» писалось через «ять» как название старославянской буквы, однако в производных словах обычно писалось «е».
Замена приставок

5. Приставка «не-» в неопределённых местоимениях пишется «нѣ»: «нѣкто», «нѣчто», «нѣкоторый», «нѣкогда» (в значении «когда-то»), «нѣсколько», но не в отрицательных местоимениях: «некемъ (заменить)», «негдѣ (жить)», «некогда» (делать что-л.). Были также устаревшие местоимения «нѣгдѣ» (в знач. «где-то») и др. «Ять» не употребляется в других приставках.
6. В приставках «без-», «раз-», «воз-», «из-» всегда пишется «з» перед «с», а в приставке «без» пишется «з» также и перед к, п, ч, ш, щ: «возстанiе», «безпокойный».
Замена окончаний

7. Глагольные окончания «-еть» всегда пишутся через «ять» («кипѣть», «видѣть», «грѣть» и т. д.), за исключением глаголов на «-мереть», «-переть», «-тереть». Для проверки: если форма прошедшего времени не