Сценарий фильма написан Михаилом Кураевым в соавторстве с Николаем Досталем. Сценарист Кураев начал собирать материалы ещё до работы над предыдущим фильмом Николая Досталя Петя по дороге в царствие небесное. Работа над сценарием велась более 2 лет, при этом использовались работы историков Каптерева, Карташёва, Ключевского, Соловьёва, писателя Бахревского. Первоначально планировалось снять 16-серийный фильм, но в процессе производства длительность была увеличена до 20 серий. Основная тема фильма — реформы, проводимые патриархом Никоном и сопротивление, которое возглавил протопоп Аввакум. В других сюжетных линиях участвуют цари Алексей Михайлович и Фёдор Алексеевич, боярыня Морозова и другие исторические персонажи. По словам Николая Досталя, своим фильмом он хочет «немножко восстановить историческую правду»: история России XVII века сравнительно мало изучена и освещена в кинематографе по сравнению с предшествующими временами Ивана Грозного и Смуты и последующего правления Пётра I, хотя события того времени не менее важны, а последствия раскола проявляются и до сих пор.