Специфика нанесения красок на свежую штукатурку при создании фресок связывала художников по рукам. Они могли использовать лишь те пигменты, что выдерживали влияние известковой штукатурки. И это были не самые яркие оттенки — например, умбры или охры. Леонардо не желал мириться с ограничениями, ему во что бы то ни стало хотелось добиться яркости, которую давали минеральные пигменты, не способные противостоять извести: ультрамарин, азурит и киноварь. 

Эксперименты с составом красок для «Тайной вечери», по сути, стали началом конца настенной росписи да Винчи.

Часто исследователи пытаются объяснить гармонию пространства и композиционных решений работ да Винчи применением принципа золотого сечения, или, как его еще называют, «божественной пропорции». Одним из доказательств считают то, что художник был в дружеских отношениях с математиком-францисканцем Лукой Пачоли, автором трактата «О божественной пропорции». К тому же Леонардо да Винчи нарисовал иллюстрации к этой работе.

Только создание «Тайной вечери» было окончено за 10 лет до того, как он работал над ними. Да и сам Пачоли нигде не упоминал о том, что золотое сечение — ключ к безотказно работающему приему композиционного построения для произведений искусства. Кроме того, в многочисленных заметках да Винчи полностью отсутствует всякое упоминание о божественной пропорции. Разве не упомянул бы он о ней хотя бы раз, рассуждая о пропорциях в своем «Трактате о живописи», если бы он действительно усматривал в золотом сечении формулу идеальной композиции?

Музыкальная гармония «Тайной вечери»

Итак, Леонардо да Винчи не был приверженцем теории «божественной пропорции». Но все же пространство «Тайной вечери» подчиняется определенной закономерности. Создание музыкальных инструментов было одним из многочисленных увлечений художника, и он верил, что принципы музыкальной гармонии можно воплотить и в архитектуре.
В этом первопроходцем он не был: еще Пифагор выдвигал подобные идеи. Не чужды были они и кумиру да Винчи, итальянскому ученому-гуманисту Леону Баттиста Альберти, считавшему, что музыкальные гармонии «способны заполнить взгляд и разум несказанным восторгом» и деятелям искусства стоит воспользоваться ими. Более того, надгробный памятник Козимо Медичи авторства Верроккьо, одного из учителей Леонардо, создан в соответствии с музыкальным ладом.

С религией у Леонардо да Винчи все обстояло сложно. Обладая привычкой не принимать на веру буквально ничего, он подвергал пристальному изучению все, что попадало в его поле зрения. Приступив к работе над «Тайной вечерей», он тщательно штудировал Священное писание. Об этом свидетельствуют его заметки, сделанные по ходу чтения Библии. Так он задается вопросами: могли ли сорок дней и сорок ночей проливных дождей полностью покрыть поверхность Земли до того уровня, на котором находят ракушки, и если да, куда потом ушла вода, и так далее.
   В попытках ответить на свои вопросы да Винчи заходит в тупик: «Здесь естественные причины отсутствуют, потому необходимо для разрешения таких сомнений призвать на помощь чудо». И это не единственный случай, когда результатом научных изысканий художника становилось убеждение в том, что к мирозданию причастны высшие, непостижимые эмпирическим путем, силы. 

Славой еретика Леонардо обязан Вазври, который в первом издании своих «Жизнеописаний» 1550 года представил живописца чудаковатым безбожником, не чуравшимся еретических рассуждении. Но 18 лет спустя, во втором издании своего бессмертного хита, Вазари не только благополучно «забывает» о ереси да Винчи, но вносит существенное дополнение о том, что «чувствуя приближение смерти, <Леонардо да Винчи> стал усердно изучать все, что касалось религии, истинной и святой христианской веры».

Возможно, такая резкая смена позиции была связана со знакомством Вазарив 1566 году с Франческо Мельци. Любимый ученик и главный наследник художника познакомился с Леонардо еще в детстве и был близок с ним до самой смерти. Видимо, ему удалось развеять заблуждения составителя летописи Ренессанса.

Насколько странно это ни звучит, в особенности укрепляли веру Леонардо анатомические опыты. Расчленяя трупы с целью досконально изучить строение человеческого тела, он описывал его с поистине религиозным чувством как «чудесное орудие, изобретенное верховным художником», отмечая, что стоит «славить первого создателя этой машины». Также он считал, что при всем своем совершенстве тело — «ничто по сравнению с душой, которая живет в таком обиталище».

Кто все-таки сидит рядом с Христом на «Тайной вечере» да Винчи?

Да Винчи был по сути первым, кто изображал набор явсв на известной евангельской сцене. Чаще всего последнюю трапезу Христа живописали аскетичной, тем более что первоисточник не дает особых подробностей. Предшественники, помещали на картину главным образом необходимые для причастия хлеб и вино (в лучшем случае прибавляя к ним маленького ягненка).
Одно из трех больших общих блюд в центре стола уже стоит пустым, за исключением ломтика фрукта (возможно,граната) на краю. Зато перед апостолом Андреем стоит блюдо, наполненное рыбинами. Появление рыбы не так неожиданно, поскольку она неоднократно упоминается в Евангелии, да и некоторые из апостолов сами трудились рыбаками до того, как их призвал Христос. К тому же рыба — один из древних символов самого Христа. По-гречески первые буквы слов Jesus Christos Theou Uios Soter (Иисус Христос — Божий Сын Спаситель) составляют слово ichthus — «рыба».
Последняя реставрация позволила разглядеть еще одно блюдо: нарезанного кусками угря, поданного с ломтиками апельсина. Во время написания «Тайной вечери» подобное лакомство могло украсить стол в самых знатных домах, и Росс Кинг выдвигает две версии, почему художник мог поместить столь нетрадиционное для сюжета Тайной вечери блюдо.
Согласно одной из них, поскольку картина была частью тщеславного плана Лодовико Сфорца, то, возможно, Леонардо хотел отобразить роскошные хлебосольные приемы своего покровителя. А второе предположение ссылается на рассказ писателя 15 века Джентиле Сермини, где именно блюдо из угрей с апельсинами выступает символом чревоугодия. В произведении высмеивается священник, который спешит поскорее окончить богослужение, чтобы попасть домой к ужину и отведать угря, приготовленного по особому рецепту. 
Антиклерикальный дух рассказа был близок взглядам Леонардо. Но, с другой стороны, он написал изысканные яства на стене трапезной монастыря, члены ордена которого большую часть года могли принимать лишь хлеб и воду, а в остальное время — максимально простые блюда. Так что вполне возможно, что да Винчи все-таки не ставил цель издеваться над голодающей братией.

  Двумя ключевыми моментами последней трапезы Христа, согласно Евангелию, были установление Таинства причастия и весть о том, что один из учеников предал Его. Долгое время была популярной теория, что Леонардо сосредоточился сугубо на эмоциональных реакциях апостолов в ответ на сообщение о предательстве. В этом был убежден и Гёте, такой трактовки придерживалось и большинство американских искусствоведов прошлого века.
Гёте не причислял себя к христианам, а в художественных школах США в ХХ столетии считалось прогрессивным отбрасывать религиозную составляющую картины Леонардо и относить его к «самым глубоко мыслящим ученым» своего времени (хотя одно другому не мешает, если вспомнить рассуждения художника о роли Творца в создании человеческого тела). Но усилиями американских же исследователей этот односторонний взгляд начал постепенно пересматриваться.
Вслед за Лео Стейнбергом, посвятившему обширную статью разбору аргументов в пользу сакрального компонента «Тайной вечери» да Винчи, эту теорию поддержал его соотечественник Хорст Янсон, автор известного учебника «История искусств: Обзор изобразительного искусства от начала времен до наших дней». Он заметил, что внимание да Винчи занимала не только психологическая драма, а жесты Христа, которым художник уделял самое пристальное внимание, свидетельствуют об одновременном установлении им обряда причастия.
Леонардо был настолько озабочен точным отображением замысла, что для рук Христа он подыскивал отдельную модель. «Алессандро Кариссими да Парма — рука Христа» — значится в одной из его записных книжек. Никто прежде не был так озабочен жестами как средством выражения: среди эскизов его «Поклонения волхвов» есть два листа, исписанные всевозможными положениями рук в разных ракурсах. Помимо прочего, неспроста руки Христа являются центром композиции,  образуя равносторонний треугольник в самом центре росписи.

Муки, в которых произведение рождалось на свет, ни в какое сравнение не идут с тем, что ожидало его в будущем. К неудачному эксперименту художника с составом красок, из-за которого разрушение росписи началось уже через 20 лет после ее завершения, добавились всевозможные несчастья и стихийные бедствия.