Агат описывался еще в древности (372—287 гг. до н. э.), впервые в трактате «О камнях» Теофраста, связывающего его название с р. Агатес (совр. Дирилло) на о. Сицилия, другое толкование — от греческого «агатес» — счастливый. Первоначальво это название давалось твердым, легко принимающим полировку ритмично окрашенным поделочным камням, основу которых составляет халцедон. Возможно, по этой причине во многих работах по минералогии, геологических словарях и справочниках агат определяется как ритмичноокрашенная разновидность собственно халцедона. Однако состав и строение этого поделочно-декоративного камня очень неоднозначен, непрост и отличается черезвычайным разнообразием. 

Ювелиры называют агатом также разновидности халцедона без явной слоистости, но с различными включениями, создающими конкретный рисунок: "моховой агат", "бастионный агат", "звёздчатый агат", "чёрный агат" и другие.