В программе gnome-tweaks, в меню "Рабочий стол" проверить включина-ли кнопка "Показывать значки" - эта кнопка должна быть всегда включена.

 Все значки устанавливаемых программ находятся в файловой системе по адресу: /usr/share/applications.

 Из этого каталога скопировать значек на рабочий стол.