Вот тут есть дельные рекомендации по тюнингу Samba. Проверено, работает очень хорошо.
Суть такова:

[global]
dos charset = cp866
unix charset = UTF8
display charset = UTF8
log level = 1
socket options = TCP_NODELAY IPTOS_LOWDELAY IPTOS_THROUGHPUT
max xmit = 65535 # Default
dead time = 15 # Default is 0
getwd cache = yes
#lpq cache = 30
log file = /dev/null
max log size = 1

После этого у меня скорость передачи файлов по сети стала в несколько раз быстрее.