Обнаружил, что если в Ubuntu 13.04 отключить сглаживание шрифтов и выбрать по умолчанию, например, Arial, то система совершенно нормально всё отображает! Наконец-то! Может так и раньше можно было сделать, но я только сейчас это нашёл. Нормальные шрифты как в винде.

Также можно сделать подобное в PHPStrom (IDEA), добавив (заменив) следующие строчки в файлах phpstorm64.vmoptions и phpstorm.vmoptions:

-Dswing.aatext=false
-Dawt.useSystemAAFontSettings=gasp

В каталоге /opt/phpstorm/bin или том, где он стоит.
Кроме того, есть другой путь для улучшения отображения шрифтов в Java-based приложениях: http://nixmash.com/php/better-looking-intellij-idea-fonts-in-linux-mint/
Обратите внимание на интересную опцию: -Dsun.java2d.xrender=true