Я нуб в этом деле, но приходится запекать текстуры и импортировать модели из 3dmax. Пишу эту заметку чисто для себя, чтобы запомнить некоторые особенности работы с Flatrion и не наломать дров снова.

Я накладываю на модель комбинированный материал, состоящий из нескольких других материалов, затем каждой грани назначаю идентификатор нужного материала и модель текстурируется так как мне надо. При запекании такой модели в плагине Flatrion нельзя использовать тот же канал текстуры (Target Channel), с которым были использованы исходные материалы. Обычно это канал 1. Иначе итоговая текстура запекается неправильно. Если установить любой другой Target Channel, то всё нормально, но при экспорте будут использованы всё равно координаты из канала 1. Поэтому я сделал "ход конём":
1. Установил Texture Stretch в значение 0.3, а Gutter Padding 16. Параметр Overlap (ниже) установил в значение 8. Advansed Unwrap Setting оставил по умолчанию (все галочки сняты).
2. Установил Target Channel в значение 1.
3. Нажал кнопку Apply Unwrap Modifiers.
4. Экспортировал модель в Collada (DAE), сняв галочку Bake Matrices.
5. Установил Target Channel в значение 2.
6. Нажал кнопку Apply Unwrap Modifiers.
7. Target Map Slot не трогал. Текстура никуда не назначается.
8. Установил галочку Make Self-Illuminating.
9. Add shell установил в значение Overrite.
10. Нажал Select Bake Element и выбрал Blend Map. В группе Bake Element Settings снял галочку Reflection. В случае Complete Map получается какая-то фигня.
11. Shell Switcher = (Baked, Baked) и Shell Resolver = Keed Baked.
12. Выбрал файл, куда будет рендерится текстура.
13. Нажал кнопку Bake Selected и увидел запечённую текстуру в своем файле.

В итоге всё экспортировалось и запеклось правильно!