Итория не хранится на серверах скайпа, к сожалению. История хранится только на компьютере пользователя в папке скайпа с одноименным профилем. Если история чатов важна, то перед переустановкой ОС сохраняйте профиль в другой отдельной папке. После переустановки ОС для восстановления истории достаточно перенести файлы из старой папки с профилем скайпа в новую.

Папка с профилем скайпа находится по адресу:

Для Windows XP: C:\Documents and Settings\_имя_пользователя_в_системе_\Application Data\Skype\_имя_пользователя_Skype\ 

Для Windows 7 или Windows Vista: C:\Users\_имя_пользователя_в_системе_\AppData\Skyp

e\_имя_пользователя_Skype\