По разным причинам. Первая - мангу начинают экранизировать, когда она еще до конца не выпущена. Тут есть два варианта. Первый - снимают энное количество серий - перерыв - второй сезон. Второй - снимают энное количество серий, придумывают свой конец. В первом можно снимать близко к манге. А вот во втором придется сценаристам извращаться. Начнаются филлеры. Часто какие-то эпизоды убирают, чтобы втиснуться в хронометраж. Допустим, снимают 24 серии. По главе на серию. А в манге в этот момент начинается объемная арка, которую нельзя прерывать. Приходится искать логичную точку для окончания и убирать моменты, которые будут прямо влиять на ту дальнейшую арку, которой не будет. Или придумывать ей собственный конец, что ещё хуже. Конечно, есть долгоиграющие сериалы, где нечего не припускается, а только добавляется. Но это скорее исключения.

Ответ на комментарий Коллекционер_выдумок # Приведи, пожалуйста, пример: скачаю почитать/посмотреть летом. Но только не "Блич".
Кстати, а манга "Дьявол может плакать" есть? Или анимэ делали по игре, а игра - самостийная?

Ответ на комментарий Доктор_Зилебоба # Игра по дьяволу самостоятельная. Аниме делали на её основе.
Пример с выдуманным концом. Soul eater. Манга пошла по совершенно другому пути. Обрывочные концы у доброй половины аниме. Хотя бы ту же страну чудес смертников, если взять. Пример разбития на сезоны - прощай, унылый учитель. Бакуман ещё снимается близко к манге, но второй сезон только анонсирован.