В XVII веке церковь называлась Никола в Блинниках (улица Маросейка д.5). В то время здесь возможно жили пекари, славившиеся приготовлением блинов. В XVIII веке слово Блинники трансформировалось в Клённики.
Исследователи считают, что верное название её в блинниках, а не в клённиках (от слова клён), потому, что клёнов у ворот Китай-города тогда быть не могло, а блинами здесь как раз торговали.
Храм построен в 1657 году.В 1690 надстроен верхний этаж (Казанской иконы Божией Матери). После пожара 1701 верхняя часть храма разобрана, нижняя превращена в подклеть, надстроена высоким верхним помещением с алтарем и притвором. С юга пристроен новый придел Казанской иконы Божией Матери. Колокольня построена в 1748-1749 гг.. Обновлялся после пожара 1748-1749 (переделаны фасады и др.), в 1853, 1868, 1894. В 1893-1923 настоятелем храма был московский духовник и старец протоиерей Алексий Мечев, а после его смерти (1923) — сын, протоиерей Сергий Мечев, создавший приход-общину (в 1929 арестован, погиб в лагерях). Оба пастыря прославлены в лике святых.